從2003年開始，本著多方籌資，農民自愿參加的原則，新型農村合作醫療的試點地區正在不斷的增加，截至2004年12月，全國共有310個縣參加了新型農村合作醫療，有1945萬戶，6899萬農民參合，參合率達到了72.6%。

2012年起，各級財政對新農合的補助標準從每人每年200元提高到每人每年240元。其中，原有200元部分，中央財政繼續按照原有補助標準給予補助，新增40元部分，中央財政對西部地區補助80%，對中部地區補助60%，對東部地區按一定比例補助。農民個人繳費原則上提高到每人每年60元，有困難的地區，個人繳費部分可分兩年到位。個人籌資水平提高后，各地要加大醫療救助工作力度，資助符合條件的困難群眾參合。新生兒出生當年，隨父母自動獲取參合資格并享受新農合待遇，自第二年起按規定繳納參合費用。

部份特殊疾病報銷比例

（一）兒童（14周歲以下）白血病（兒童急性粒細胞白血病、急性淋巴細胞白血病）、先天性心臟病（房、室間隔缺損，動脈導管未閉，肺動脈瓣狹窄）。在黔西南州內定點醫院（三級以上）住院治療，醫藥費用實行定額補助，免費治療。經審核同意轉院至黔西南州外公立醫院（三級以上）所發生的醫療費用，按90%的比例報銷。

（二）宮頸癌、乳腺癌。在黔西南州內定點醫院（三級以上）住院治療，醫藥費用實行定額補助，免費治療。經審核同意轉院至黔西南州外公立醫院（三級以上）所發生的醫療費用，按90%的比例報銷。

（三）慢性腎功能衰竭。治療慢性腎功能衰竭（含門診透析治療），在黔西南州內定點醫療機構按90%的比例報銷。經審核同意轉院至黔西南州外公立醫院（三級以上）所發生的醫療費用，按80%的比例報銷。

（四）白內障。參保白內障患者實施復明術，城鄉醫療保險 基金給予定點醫療機構定額補助，每例（單側）患者1600元，醫院不得再收取其它費用，如患者要求提高晶體標準，超出部分由患者自付，并填寫申請書，患者簽名備查。白內障患者實施復明術先執行項目規定的定額補助政策，不足部分再由城鄉醫療基金給予補償。

新型農村合作醫療實踐中的案例

新型農村合作醫療的就診患者，是完全自費后拿著醫院開具的發票去所在轄區政府機關申請報銷的。拿北京的特殊病患者為例。各個區縣報銷比例不同。比如同樣的癌癥患者順義地區病人的報銷能達到55%延慶懷柔的比例更高，而門頭溝的只能享受40%的報銷比例。但是這40%并不是申請了特殊病都給報的。比如放療收據中只有小部分是西藥其他是攝影及其他費用，這樣下來比如10萬元的放療費用在門頭溝能報銷的只有不到3萬元而在延慶可以達到7萬元。另外癌癥患者常年要吃中草藥，門頭溝的合作醫療中草藥里沒有放化療成分是一分都不報的。而醫保卡病人吃中藥也能報。